Alejandro Jodorowsky nasceu em Tocopilla, Chile em 7 de Fevereiro de 1929. Em 1942, mudou-se para Santiago para estudar na universidade. Nessa época já trabalhava como palhaço de circo e artista de marionetes.
Em 1955 mudou-se para Paris onde estudou mímica com Marcel Marceau. Trabalhou com Maurice Chevalier e fez seu primeiro filme, "La Cravate", até pouco tempo dado como perdido. Também em Paris ele conheceu Roland Topor e Fernando Arrabal, e juntos criaram o Moviment Panique em 1962.
O grupo multimídia, que homenageava o deus grego Pan, fazia performances ao vivo misturando teatro de vanguarda, literatura e cinema. Nesse período, Jodorowsky escreveu diversos livros e peças teatrais. No final dos anos 1960, dirigiu peças de vanguarda em Paris e na Cidade do México. Também criou a tira de história em quadrinhos "Fabulas Panicas", e fez seu primeiro filme "de verdade" - Fando y Lis, em 1967, baseado em uma peça de Arrabal.
Em 1971, Jodorowsky lançou "El Topo", um faroeste surrealista criativo e vanguardista. Graças a seu mais ilustre fã, o beatle John Lennon, o filme foi foi muito comentado e distribuído na América, alcançando status de "cult". Em 1973, lança "The Holy Mountain".
Em 1975, retorna à França, onde tenta fazer uma versão cinematográfica do romance "Duna", de Frank Herbert, que teria a participação de Orson Welles e Salvador Dali, trilha sonora de Pink Floyd, e a colaboração visual dos artistas H. R. Giger, Dan O'Bannon e Möebius. O financiamento do filme foi retirado, e o romance acabou sendo filmado nos Estados Unidos por David Lynch.
O próximo filme de Jodorowsky foi Tusk, de 1978, a história da amizade entre uma garota e um elefante.
No início dos anos 1980, Jodorowsky dedica-se a escrever histórias em quadrinhos, em diversas parcerias, a mais famosa delas com Moebius, e também continuou escrevendo livros.
Em 1989 volta ao cinema com "Santa Sangre", que foi muito elogiado pela crítica e teve boa distribuição. Em 1990 dirigiu Oma Shareef e Peter O'Toole em "The Rainbow Thief".
Ao longo dos anos 1990, Jodorowsky continuou escrevendo, produzindo quadrinhos, e disse estar interessado em produzir um filme chamado "Os Filhos de El Topo". Atualmente trabalha na produção de "King Shot", filme produzido por David Lynch.

Filhos: Axel Jodorowsky, Adan Jodorowsky, Teo Jodorowsky, Brontis Jodorowsky, Eugenie Jodorowsky, Cristóbal Jodorowsky Trumblay
Neta: Alma Jodorowsky
Conjuge: Pascale Montandon