Nesse segundo longa mostra as aventuras de um grupo de ciborgues – humanos com partes mecânicas – em sua luta contra o mal, especialmente a organização Fantasma Negro. São nove heróis, sendo o principal deles Joe Shimamura, o 009. Há também uma garota e um bebê (que é o líder) no grupo de humanos que passou por dolorosas operações cibernéticas.