Jonathan Taylor Thomas nasceu em Bethlehem, Pensilvânia, filho de Claudine Weiss e Stephen Weiss um gerente de vendas industriais, os dois se divorciaram em 1989. Seu tio é o ator Jeff Weiss.Thomas. Ele tem um irmão chamado Thomas Joel Weiss. Ele era conhecido por suas iniciais "JTT". Em 1986, Thomas mudou com sua família para Sacramento, Califórnia, e mais tarde fez um comercial do Burger King quando tinha oito anos. Em 1991, aos 10 anos de idade, ele ganhou o papel de William Randall "Randy" Taylor no programa de televisão “Home Improvement”. Ele permaneceu com Home Improvement em seus anos de adolescência, mas deixou a série em 1998. Thomas fez o papel do jovem Simba no filme da Disney O Rei Leão em 1994. Ele estrelou em filmes I'll Be Home for Christmas, Man of the House, Tom and Huck, The Adventures of Pinocchio, Wild America, Common Ground, Walking Across Egypt e Speedway Junky. Ele fez uma participação no seriado da ABC “8 Simple Rules” no início de 2004, e apareceu em Smallville em 2002 e 2004. Em 2005, ele fez uma participação em Veronica Mars, e também foi destaque no The E! True Hollywood Story's na Home Improvement.