Juntamente com Hirsi Ali, van Gogh foi o autor do filme com o título "Submissão" (uma referência inequívoca ao Islão, que significa literalmente submissão a Alá). É um filme sobre a situação da mulher nas sociedades islâmicas, abordando temas como os casamentos arranjados, a violência doméstica ou o incesto. Após a estreia do filme, Van Gogh e Hirsi Ali receberam ameaças de morte. O filme foi exibido na televisão holandesa em 2004.
Van Gogh foi assassinado na manhã de terça-Feira, 2 de Novembro de 2004, em Amsterdão, na esquina entre as ruas Linnaeusstraat e Mauritskade, uma zona de Amsterdã onde vivem muitos imigrantes. Foi esfaqueado e alvejado a tiro (7 tiros) e faleceu imediatamente. O alegado assassino foi detido pela polícia após perseguição e após ter sido alvejado numa perna. Era um jovem de 26 anos, de dupla nacionalidade (holandesa e marroquina), muçulmano