Três anos após o retorno do Yamato do planeta Iscandar, as pessoas da Terra restauraram seu planeta com o Cosmo Reverse System, e assinaram um tratado de paz com Garmillas. Além da reconstrução, a Terra desenvolveu uma nova frota de defesa que inclui o incrível navio de guerra Andromeda. A Terra segue um caminho de expansão militar, apesar dos desejos de Starsha Iscandar. O Yamato ajuda a realizar essa chamada paz, mas comm o preço de muitos sacrifícios inestimáveis. A deusa Teresa, que reza pela tranquilidade no espaço, chama o Yamato para uma nova viagem. A ameaça de Gatlantis está varrendo o universo e se aproximando da Terra.