Giovanna Scalise decide permanecer no distrito que recebeu e protegeu e começa um novo caso de amor com o inspetor Walter Manrico enquanto Carmine Tonnara, filho de Don Vito, morreu na prisão. A família Tonnara após o Maxi Processo foi completamente desmantelada. O único ainda em liberdade é o chefe da máfia, Vito Tonnara, que, cego pela vingança, tenta em todos os sentidos eliminar o Comissário Scalise, o que levou à decadência primeiro e depois arruinou sua família e sua vida pessoal. A Comissária Scalise, que entretanto está à espera de uma criança, é submetida a um ataque organizado por Tonnara. Através do autor da máfia, Rosario "Saro" Gioncardi, um namorado do filho do chefe, responsável pelo ataque pelo mesmo Tonnara, reiniciará a investigação na cabeça da máfia.

A segunda temporada trará mudanças importantes e retornos da trama na história da série, que afetará principalmente a vida privada do inspetor Ardenzi e as circunstâncias que causaram, no terceiro último episódio, a morte de sua esposa, Angela Rivalta, aparentemente cai acidentalmente de um prédio na tentativa de resgatar um professor psicopata determinado a suicidar-se, Ferdinando Monti. O funeral de Angela ocorre, Mauro sofre aflição ao deixar Paula enquanto Roberto tenta de alguma maneira reorganizar sua vida. Vito Tonnara perambula perigosamente do Comissariado e com um estratagema de Manrico, Luca e Valeria do mesmo para entrar sem perturbações. Giovanna está tão desprotegida e encontra Vito Tonnara em seu escritório; a intervenção atempada de Mauro distrai Tonnara para que Giovanna retire sua arma e mate o chefe mafioso. Giovanna dá à luz, então diz a todos que vai deixar o distrito para ter uma longa espera para estar com a família, retornando a Palermo.