O mundo dos Duel Masters é uma das cinco grandes civilizações. Através de um jogo de cartas, os duelistas podem trazer esses mundos à existência, tornando o que anteriormente era abstrato em realidade. Estes duelistas qualificados são conhecidos como mestres de Kaijudo.
Uma misteriosa organização está interessada em desenvolver a habilidade do duelista Shobu Kirifuda de dar vida às criaturas dos Duel Master. Com o apoio de seus amigos, Shobu duela com paixão, disciplina e coração enquanto se esforça para ser como seu pai e se tornar o próximo mestre de Kaijudo.