É conhecido pela sua atuação no Partido Verde brasileiro (do qual é membro-fundador), defendendo posições polêmicas em questões consideradas como tabus na cultura política brasileira (como a profissionalização da prostituição, o casamento homossexual e a descriminalização da maconha).1
É conhecido também por ter participado da luta armada contra a ditadura como militante do Movimento Revolucionário Oito de Outubro, que tentava instaurar o socialismo no Brasil. Na época, trabalhava como repórter do Jornal do Brasil, no Rio de Janeiro.
Participou do sequestro do embaixador norte-americano Charles Elbrick às vésperas do 7 de setembro de 1969. O episódio é narrado em seu livro O que é isso, companheiro?, de 1979. O sequestro ocorreu como forma de pressionar o regime militar a libertar quinze presos políticos, ligados a organizações clandestinas da esquerda política. De fato, tais presos foram libertados e banidos do país, mas os envolvidos no sequestro foram presos algum tempo depois. O próprio Gabeira foi preso em 1970 na cidade de São Paulo. Resistiu à prisão e tentou fugir em direção a um matagal que existia por perto. Vários tiros foram disparados e um deles atingiu suas costas, perfurando rim, estômago e fígado.
Preso, foi libertado em junho do mesmo ano, tendo sido trocado com outros 39 presos pelo embaixador alemão Ehrenfried von Holleben, que também havia sido sequestrado. O grupo foi banido do país e embarcado para a Argélia.
Gabeira esteve exilado entre 1970 e 1979. Em dez anos, esteve em vários países dentre os quais o Chile, a Suécia e a Itália. Na Suécia, onde passou a maior parte do exílio, formou-se em Antropologia na Universidade de Estocolmo e exerceu a profissão de repórter até a função de condutor de metrô em Estocolmo. Voltou ao Brasil em 1979, com a lei da Anistia. Passou, então, a atuar como jornalista e escritor, defendendo o fim do regime militar. Após 1985, apoiou a causa dos direitos das minorias e do meio ambiente.
Durante o exílio, casou-se com a sua companheira de militância política Vera Sílvia Magalhães. Já de volta ao Brasil, foi casado por dezesseis anos com a estilista Yamê Reis — com quem teve duas filhas: a psicóloga Tami e a surfista Maya Gabeira. O casal se divorciou em 1999. Atualmente, é casado com a atriz e empresária Neila Tavares.