Das belas paisagens exóticas até a beleza natural e grandiosa do oceano, Flipper explora a maravilhosa linguagem universal que une homens e golfinhos.
Uma importante pesquisa sobre animais marinhos se desenvolve num instituto localizado na linda região do sul da Flórida, onde grupo de cientistas estuda o sistema se sonar dos golfinhos, chefiando a equipe, encontramos o Dr. Keith Ricks (Brian Wimmer), um eterno apaixonado pela vida marinha que não esquece seu grande amigo de infância, o lendário Flipper.
Sua companheira de pesquisa é a atraente doutora Pam Blondel (Collen Flynn), uma mulher divorciada que tem um filho de 14 anos chamado Mike (Payton Hass) que está sempre em companhia de Maya (Jessica Alba), uma linda garota do local e de Flipper um golfinho brincalhão e inteligente que será o objeto central de uma vibrante aventura...