A série Ghost in the Shell: Stand Alone Complex é baseada no filme Ghost in the Shell porém não é para ser visto em seqüência. O filme seria um episódio afastado da série.
Stand Alone Complex tem duas partes, 1st GIG (tradução: primeiro ´trabalho´) e 2nd GIG (tradução: segundo ´trabalho´), cada uma delas tendo 26 episódios de 25 minutos cada.
A primeira parte trata basicamente sobre uma corrupção relacionada a empresas envolvidas com trabalhos e pesquisas médicas, onde uma entidade chamada Laughing Man (tradução: Homem Risonho), com habilidades sobre-humanas (em relação a 'informática'). Enquanto isso, na segunda parte, é retratado um ideal que move certas pessoas, normalmente em grupos de onze, a cometerem atos terroristas. Mesmo as tramas envolvendo vários 'agentes', o fenômeno Stand Alone Complex (tradução: Complexo de estar ou agir ´sozinho´) sempre está envolvido, quando pessoas, normalmente sozinhas ou em grupos pequenos, agem ao serem defrontadas com situações anormais ou de extrema importância.