Misteriosas criaturas voadoras conhecidas como Zai aparecem de repente, e para lutar contra as criaturas, a humanidade cria aviões de caça chamados "Daughters", assim como o mecanismo automático de luta "Anima", que tem a forma de garotas humanas. A história é centrada em um jovem chamado Kei Narutani, que anseia voar no céu, e um Anima considerado o trunfo da humanidade, o nome de uma garota Gripen.