Formou-se em jornalismo pela Faculdade da Cidade e estudou cinema na Universidade de Nova York. Participou do núcleo do diretor Carlos Manga, na TV Globo, onde realizou a minissérie Engraçadinha e editou Memorial de Maria Moura e Agosto.

Editou diferentes trabalhos de Walter Salles e Eduardo Escorel para a TV independente. Foi assistente de direção em longas-metragens de Murilo Salles (Faca de Dois Gumes) e Cacá Diegues (Dias Melhores Virão). Dirigiu comerciais para alguns dos principais anunciantes do Brasi.

Seu primeiro longa metragem, Janela da Alma, ganhou 11 prêmios nacionais e internacionais e levou mais de 140 mil pessoas aos cinemas em 2002. Pro Dia Nascer Feliz, seu segundo longa, é um documentário sobre as adversas situações que o adolescente brasileiro enfrenta dentro da escola.

Junto com a britânica Lucy Walker e e a brasileira Karen Harley, João Jardim codirigiu o documentário "Lixo Extraordinário". O filme foi indicado ao Oscar de melhor documentário, em 2011, e ganhou prêmios no Festival de Berlim e no Festival de Sundance.

Cônjuge: Carla Camurati
Filho: Antônio Jardim