Ocorre em 1937, antes da Segunda Guerra Mundial começar no ocidente. O Tenente Coronel Yuki do Exército Imperial Japonês cria a “Agência D“, uma unidade de inteligência do exército, sobre seu comando e tutela. O General do exército delegou ao Tenente Sakuma a supervisão do trabalho da unidade.

A Agência D cria uma rede para encontrar agentes para além dos militares japoneses. Para além disso, Yuki estabelece princípios na Agência D que vão contra a doutrina IJA: “Não mates, não morras, não sejas capturado“. Com isto, Yuki treina uma equipa de operacionais que conduzem missões contra o poder nacional e estrangeiro.