Um misterioso homem chamado S / Kamen Rider Eden, acompanhado por milhares de crentes, aparece. Nisso, vários ataques terroristas em grande escala ocorrem simultaneamente em todo o mundo. Enquanto as pessoas caem uma após a outra e o mundo está em turbulência, Aruto Hiden se levanta para parar S enquanto Isamu Fuwa, Yua Yaiba, Gai Amatsu, Jin e Horobi lutam para aprender a verdade. O que S, que mostra uma força incrível, significa para o paraíso que está tentando criar?