A trama segue Supergirl, que está de luto pela perda de Krypton e lutando para se adaptar à sua nova vida na Terra. O primo de Kara, Superman, serve como mentor e sugere que ela saia para frequentar a Academia da Legião no Século 31, onde a super-heroína faz novos amigos e um novo inimigo: Brainiac 5, ao mesmo tempo que também precisa enfrentar um grupo misterioso chamado Círculo Negro enquanto procura por uma arma poderosa mantida no cofre da Academia.