Os amigos Alex (Ben Stiller), Marty (Chris Rock), Melman (David Schwimmer), Gloria (Jada Pinkett Smith), rei Julien (Sacha Baron Cohen) e os pinguins deixam o continente africano rumo í Europa. Eles vão parar em Mônaco, onde passam a ser perseguidos por uma obcecada agente de controle animal (Frances McDormand). Em plena fuga, o grupo encontra abrigo em um circo em crise. Logo eles passam a ajudá-lo, iniciando um processo de revitalização que poderá levá-los a uma turnê nos Estados Unidos e, consequentemente, de volta para casa.