Morou nas cidades de Registro (Vale do Ribeira), Amparo e Jundiaí. Começou sua carreira em 1986 como redatora em uma agência de publicidade no interior paulista. Colaborou com revistas e jornais e também trabalhou na extinta Rádio Cidade (hoje Bandnews FM) na capital paulista.

Fez curso de Jornalismo na Faculdade de Comunicação Social Cásper Líbero, em São Paulo e participou do início da história da TV a cabo no Brasil com a inauguração do Canal + UHF 29 (hoje RIT). Sua carreira na televisão começou em 1989 na TV Gazeta. Anos depois, passou pela Rede Manchete e pelo SBT.

Chegou à Rede Globo em 1992. Fazia reportagens para todos os telejornais e, esporadicamente, apresentava os jornais locais, como o extinto São Paulo Já (onde iniciou a sua carreira como apresentadora). Em 1993, passou a apresentar o Jornal Hoje, eventualmente. Mariana foi a apresentadora que ficou mais tempo na bancada do JH, ao todo 18 anos. Superou Leda Nagle, com 14 anos e Cláudia Cruz, com 12 anos.

Entre 1993 e 2002 cobriu os desfiles das escolas de samba de São Paulo (no começo ao lado de William Bonner, depois Cléber Machado e Britto Júnior, em todas as transmissões com Maurício Kubrusly).

Em 1996, durante seis meses, apresentou a previsão do tempo do Jornal Nacional.

De 1998 a 2000 apresentou a primeira edição do SPTV ao lado de Chico Pinheiro. Comandou o Bom Dia São Paulo e fez entradas no Bom Dia Brasil de 2001 a 2010. Em 2003, Mariana Godoy apresentou o Jornal Hoje, durante a licença maternidade de Sandra Annenberg.

No começo de 2010 Mariana afastou-se do Bom Dia São Paulo, para preparação da narração do Carnaval de São Paulo, novamente ao lado de Cléber Machado, na sequência foi anunciado que a jornalista deixaria o comando do Bom Dia São Paulo, para se dedicar a um novo projeto na TV Globo. Mas, a jornalista, em seu twitter, disse que estava com problemas de voz, retornando no jornal em meados de Março.

No dia 1º de abril de 2010 Mariana se despediu do jornalístico matinal, anunciando sua saída deste após quase uma década de apresentação. A jornalista também anunciou que, a partir de segunda-feira, começaria a apresentar a primeira edição do SPTV, ao lado de Chico Pinheiro, onde ficou até setembro de 2011.

Uma das novidades dos 15 anos do canal de notícias Globo News, Mariana estreou no dia 17 de outubro de 2011 no Jornal das Dez, apresentando o bloco paulista do noticiário. Em Abril de 2012, Mariana Godoy se mudou para o Rio de Janeiro e assumiu o comando do Jornal das Dez.

Em outubro de 2014, Mariana pediu demissão da TV Globo/Globo News, onde trabalhou por 23 anos, para voltar a morar em São Paulo com a família.

Em dezembro de 2014, Mariana assinou contrato com a RedeTV! onde apresenta o talk-show Mariana Godoy Entrevista.