Mark Oliver Everett é filho do físico Hugh Everett III (já falecido), que deu origem à teoria da interpretação de muitos mundos em mecânica quântica. Seu filho porém, não tinha o mínimo interesse sobre esses assuntos. Quando criança, tinha muita afeição por instrumentos de brinquedo; paixão que permaneceu mesmo no futuro, já que brinquedos são constantemente usados como parte das músicas da banda.
Quando maior no colegial, Mark Everett não se dava muito bem com seus colegas e passou a se aprofundar na música. Aos 19, encontrou seu pai com 51 anos morto em sua cama, devido a um ataque do coração, provavelmente causado pelo excesso de fumo e bebidas alcoólicas.
Nesta época ele passou por diversas bandas, como "The Toasters", e em 1985 lançou, influenciado pelo folk lo-fi, seu primeiro álbum solo ("Bad Dude in Love"), que se limitou apenas a 500 cópias. O pseudônimo "E", usado por ele antigamente para não confundí-lo com o seu pai, foi usado como seu nome artístico para as gravações.
Em 1987 Everett se mudou com sua família de Virgínia e se reinstalou na Califórnia. Lá ele começou sua carreira musical com dois maiores álbuns: "A Man Called E" e "Broken Toy Shop", e em 1993 ele começa uma colaboração com o baterista Jonathan "Butch" Norton.
Após seus álbuns solo, "E" procurou explorar mais seu lado roqueiro na música através de uma banda. The Eels foi oficialmente fundada quando Butch e E conhecem Tommy Walter. Em 1996 a banda lança seu primeiro álbum, "Beautiful Freak", uma melancólica gravação pop com letras atormentadas e introspectivas. Musicalmente, havia uma grande dimensão de características e estilos diferentes, incluindo uma certa influência do grunge num formato menos underground.
O grupo fez tours extensivamente para dar suporte ao álbum em 1996 e 1997, tocando em alguns festivais. "Novocaine for the Soul", "Susan's House" e "Your Lucky Day in Hell" tiveram um modesto sucesso nacional e internacional. "My Beloved Monster" acabou fazendo parte da trilha sonora de Shrek. Duas outras músicas também foram usadas em séries televisivas de pouco sucesso.
Walter depois saiu da banda, ou foi demitido, segundo algumas especulações.
Depois de Beautiful Freak, Everett enfrenta uma das piores crises de sua vida. Diversos amigos morrem. A sua irmã, Elizabeth, que tinha graves problemas de esquizofrenia, comete suicídio em 1996, e em 1998 sua mãe, Nancy Everett, morre com câncer no pulmão. Anos depois um primo distante também iria falecer num acidente de avião. Presenciando a morte de todos e estando sem o pai, mãe e irmã, Everett acabaria por se tornar o único membro vivo de sua família.
Em vez de desistir de sua carreira e se entregar a suas crises existenciais, "E" prefere continuar o seu trabalho mesmo com o peso da morte na sua consciência. Transcrevendo suas dores em suas composições, ele resolve transformar a tragédia no seu ímpeto para gravar o álbum que é considerado o "magna opus" do Eels: "Electro-Shock Blues", com letras extremamente mórbidas e obscuras. A partir daí, a banda decide deixar o rock distorcido um pouco de lado e definir com mais maturidade a marca registrada de seu som, uma mistura de melodias leves com algumas nuances de experimentalismo.
Este lançamento, com um som que ao mesmo tempo que é calmo e melodioso também é extremamente desregulado e caótico, varia entre uma furiosa infatigabilidade, humor negro e autêntico desespero contundente, que acaba sendo unanimemente bem aceito pela crítica e o impulsiona, em 2000, a fazer outro álbum bem sucedido, "Daisies of the Galaxy", que era justamente o oposto do anterior, com melodias alegres, calmas e esperançosas.
Apenas um ano depois, com o álbum "Souljacker", a banda volta para um rock mais agitado com experimentações eletrônicas, junto com o disco bônus Rotten World Blues EP . Butch sai da banda em 2003, na produção da "Shootenanny!", com composições mais acústicas e rurais.