Medabots Damashii, ou Medabots Spirit nos Estados Unidos, é uma continuação da série original, segue Kam Kamazaki, um menino frio de 12 anos que projetou um dos mais perigosos Medabots da história da Cyberluta, chamado Kilobots (ou Death Medarot, na versão japonesa). Estes Medabots não possuem emoções ou sentimentos, pois suas Medalhas foram remodeladas para possuírem mais força. No primeiro episódio de Medabots Damashii, Ikki perde uma Cyberluta para um Kilobot de um garoto mau chamado Ginkai. Nem mesmo quando Metabee usou a Medaforça ele foi capaz de derrotá-lo, pois a Medaforça é um ataque que requer sentimentos e um Kilobot não possui sentimentos devido a sua Medalha X. Ikki também conhece Nae, uma mecânica de Medabots que dá Medapeças novas a Metabee, Ikki então atualiza seu Metabee usando as peças novas em Metabee que se tornam Saikachis (sua versão atualizada) e derrota o Kilobot usando pela primeira vez o seu Modo Ação. Embora Metabee tenha se tornado um Saikachis que é um nome da sua nova versão, Ikki continua o chamando de "Metabee". Nessa temporada houve a saída de de vários personagens como a Karen e o Koji, e a entrada de outros como Sra.Nai, Ginkai, Zuru e o malvado Kan. E então Ikki e seus amigos vão deter os Kilobots para restaurar o espírito da luta.