"Holy Wars... The Punishment Due" (também conhecida como "Holy Wars") é uma canção da banda americana de thrash metal Megadeth. É a faixa de abertura do quarto álbum de estúdio da banda, "Rust in Peace" (1990).
A letra trata do conflito religioso global, em particular de Israel e Irlanda do Norte. Em entrevista à revista britânica Guitarist, Dave Mustaine disse que se inspirou para escrever a música na Irlanda do Norte, quando descobriu que camisetas piratas do Megadeth estavam à venda e foi dissuadido de tomar providências para removê-las com base no fato de que fizeram parte das atividades de arrecadação de fundos para "A Causa" (ou seja, o Exército Republicano Irlandês Provisório). 
"The Punishment Due" é baseado no personagem de quadrinhos da Marvel, o Justiceiro.
No clipe começa com a banda no palco voltada para diferentes direções conforme a imagem. 
Dave Mustaine canta enquanto clipes de guerras e protestos são mostrados.
No Brasil, os riffs de "The Punishment Due", foram a música da famosa vinheta de uma rádio de São Paulo, a "89 FM - A Rádio Rock.