A história se passa depois que 90% da humanidade foi exterminada devido a uma invasão. Os sobreviventes vivem em um abrigo onde suas vidas são monitoradas e as memórias da invasão apagadas. Três adolescentes do abrigo são escolhidos para pilotar três máquinas que se combinam para formar o robô Musashi, feito de um material denominado liga de Megatronium. A série vai equilibrar a ação do robô com a vida escolar.