Em um futuro próximo, existem pessoas com poderes especiais TYPE-E que seguem vidas normalmente, sem percebendo as suas capacidades. Miharu é uma trabalhadora de um escritório. Ela começa a se preocupar, quando cada instrumento elétrico em sua volta passa a parar de funcionar momentaneamente. Um dia, vários homens aparecem. Eles dizem que uma crise se aproxima e que ela corre grande perigo. Em seguida, duas mulheres emitindo de suas vestia cores brilhantes como arco-íris aparecem. Elas começam a luta contra os homens que estavam armados, e por todo o tempo tentavam empurrar Miharu em um carro. No entanto, as mulheres com soberba capacidade físicas, derrotam estes homens e resgatam Miharu. As duas mulheres, ambos os quais também têm poderes especiais TYPE-E, a silenciosa Kimizuka Maori, 17 anos, e a alegre Ebihara Chinami (a protagonista da primeira temporada “CODE-E”), idade 22. Elas começam a falar sobre as pessoas que têm poderes especiais TYPE-E. Segundo elas, existem dois blocos contrários em busca deste poder. Um deles é OZ, uma organização, que foi fundada para ajudar pessoas com poderes TYPE-E, sendo capaz de se adaptar à sociedade. A outra é a “Fundação”, a qual pertence aos homens acima mencionados. Eles defendem o isolamento e o controle de indivíduos TYPE-E.