A história se foca no novo personagem Shinn Asuka, um soldado ZAFT que se juntou ao exército após perder a sua família enquanto fugiam de uma confronto de Mobile Suits. Dois anos após os eventos ocorridos em Gundam Seed, a guerra estoura novamente entre a Terra e as Colônias e Athrun retorna aos campos de batalha.

A série é composta de 50 episódios e mais um OVA com o final expandido.