After Colony 196 - Um ano se passou desde que a guerra entre a Terra e suas colônias terminou. Heero, Duo, Trowa e Quatre se despedem de seus Gundams e os jogam no sol. Relena Darlian é agora vice-ministra da Nação Unificada da Esfera Terrestre. Mas enquanto os pilotos de Gundam estão se ajustando à paz na Terra, Relena é sequestrada e uma nova ameaça aparece, liderada por Marimeia Khushrenada - filha do falecido ditador Treize Khushrenada e herdeira da Fundação Barton. Para tornar as coisas mais complicadas, o piloto de Gundam Nataku, Wufei, ficou do lado dessa facção. Os pilotos de Gundam devem recuperar seus trajes móveis e mais uma vez se engajar na batalha antes que as forças de Marimeia tenham sucesso em sua tentativa de dominação global.