Uma versão mais curta e simplificada de Nadia chamada "The Nautilus Story", que elimina todos o filler e se concentra na luta entre Nemo e Gargoyle. Algumas cenas, nos episódios mais cruciais, também são cortadas. A série de compilação foi feita por Hideaki Anno, que teria ficado insatisfeito com o resultado final do programa de TV. The Nautilus Story foi lançado apenas no Japão em VHS e laserdisc.