Depois das férias de verão delas, as Winx retornam para Alfea para começar seu segundo ano. Elas conhecem uma nova fada, Layla, que pede a ajuda delas para resgatar as pixies, suas amigas que estão seqüestradas por Lorde Darkar, a Fênix Negra. Darkar quer encontrar onde é o vilarejo das pixies para obter um Codex, que na verdade são 4 (cujas peças estão no Vilarejo das Pixies, Fonte Rubra, Torre Nebulosa, e Alfea) Essas peças abrem um portal até a dimensão Realix onde se encontra o poder final. As Trix também são libertadas de Rocha Luz por Lorde Darkar e decidem participar da luta ao lado dele.