Otto Guerra estudou filosofia na UFRGS e formou-se em multimídia digital. Passou a infância e adolescência fazendo histórias em quadrinhos inspiradas nas HQs franco-belgas de Hergé. Em 1977 trabalhou na agência publicitária do argentino Felix Follonier em Porto Alegre, fazendo animação para comerciais. No ano seguinte, aos 22 anos, fundou sua produtora, a Otto Desenhos Animados, uma das pioneiras em animação no Brasil e a única que tem seu conteúdo destinado quase exclusivamente ao público adulto. Seu primeiro curta-metragem foi O Natal do burrinho, lançado em 1984 e ganhador do kikito no Festival de Cinema de Gramado desse mesmo ano.

Em 1995, Guerra lançou o longa Rocky & Hudson- Os Caubóis Gays, baseado nas tiras de Adão Iturrusgarai. Em 2006, lançou Wood & Stock: Sexo, Orégano e Rock'n'Roll, baseado nos personagens do cartunista Angeli e primeiro longa-metragem de animação brasileiro a receber do Ministério da Justiça o selo "Proibido para menores de 18 anos". No ano de 2013, o diretor lançou Até que a Sbórnia nos Separe, baseado na dupla musical de Tangos e Tragédias.

É um dos cinco brasileiros citados no livro Animation Now, a bíblia da animação mundial, publicado pela editora alemã Taschen:

“Otto Guerra pertence à animada e criativa turma do cinema gaúcho no estado brasileiro do Rio Grande do Sul. Com uma carreira diversificada, que abrange filmes publicitários e ácidas comédias autorais, ele se tornou o papa underground da animação brasileira, fazendo sucesso e escola com seu caminho torto. Guerra, em português, é o nome para war/guerre/krieg. Otto armou sua trincheira, a empresa Otto Desenhos Animados, em 1978, e desde então vem alvejando a cultura de massa e os temas infantis com as suas sátiras impagáveis.” (Animation Now: Taschen, Colonia, 2004, p. 372)

Em 2017, mesmo ano do centenário da animação brasileira, Otto Guerra foi homenageado no 45º Festival de Cinema de Gramado, recebendo o troféu Eduardo Abelin,destinado a diretores, cineastas ou entidades de cinema brasileiros.