Ash, Dawn e Brock continuam sua jornada por Sinnoh e pausam para um descanço, quando um misterioso, pequeno, pokemon aparece revando-se ser Shaymin, parecendo estar muito fraco e cansado. Através da telepatia, o Pokémon diz que Giratina passou a perseguí-lo, pois ele se envolveu acidentalmente na batalha entre Dialga e Giratina, usando o golpe Semente Ofuscante (Seed Flare) para se proteger e fugir do Mundo Reverso. Dialga aproveitou o ataque e fugiu também. Com isso, Giratina se irritou com Shaymin e passou a perseguí-lo. Ash decide ficar ao lado de Shaymin para protegê-lo, mas parece que não é só Giratina que quer por as mãos no pequeno pokemon.

Zero, um estranho homem dono de uma gigantesca nave, está a procura de Shaymin e de uma entrada para o Mundo Reverso, embora não se saiba o que ele realmente tem em mente. Com a ajuda de Mugen, um estudioso desse mundo estranho, Ash e cia. têm de encontrar uma maneira de deter Zero, antes que ele faça algo que afete os dois mundos.

No decorrer do filme, somos apresentados às novas formas de Shaymin e Giratina. Além disso, embora vá para os braços de Dawn e implique constantemente com Ash, Shaymin parece confiar muito mais no garoto, quando a situação realmente fica preta.