A trama se inicia exatamente onde se encerrou a primeira temporada. Começando com as buscas por Jace que ficou nas mãos de Valentine depois de descobrir que ele era seu pai e o de Clary.

Já Clary, Alec, Isabelle, Magnus e Simon estão procurando por Jace e achando uma forma de salvá-lo antes que seja tarde, temendo que Jace esteja ferido ou até mesmo que tenha acontecido algo pior.
Enquanto isso, a Clave acaba enviando Victor Altertree para reinstalar a ordem no Instituto deixando assim a tarefa muito mais difícil, já que Victor não parece simpatizar com a situação e acha que Jace é um traidor por ser filho de Valentine.

Correndo contra o tempo, Clary, Alec, Isabelle, Magnus e Simon parte em busca de salvar Jace e tentar impedir Valentine de conseguir os instrumentos mortais para destruir o submundo e para isso eles terão que lutar e encarar o maior vilão de todos os tempos e além desses problemas Clary acaba descobrindo algumas verdades e que seu irmão pode ser alguém muito ruim em sombrio.