Tendo terminado a guerra de AC-195 das Colônias contra a Terra, os cinco pilotos decidem enviar seus Gundams para Sol, já que não são mais necessários para alcançar a paz. Entretanto, a filha de Treize Kushrenada, Mariemaia, lidera um grupo rebelde que rapta a Vice-Ministra do Exterior, Relena Darlian, com o intuito de continuar com a original Operação Meteoro. Cabe a Heero, Duo, Trowa, Quatre e Wufei retornarem a ação e novamente dar fim ao conflito.