Após uma cidade ser aniquilada, uma jovem chamada Yuki diz ser a única sobrevivente. Takuya, um contrabandista solitário, seguem junto com Yuki em uma jornada em direção à cidade, agora conhecida como Lost, entretanto diversos obstáculos inesperados aparecem no caminho deles. Organizações secretas e conspirações escondidas aguardam Yuki e Takuya enquanto se aproximam do mistério por trás de Lost.