Era do Gênesis Sagrado. Ano 0011. A humanidade perdeu dois terços de sua população. A Grande Catástrofe, que destruiu o planeta onze anos atrás derreteu o gelo da Antártida. Na Perdida Atlantis (acredita-se ter sido destruída há 12000 anos), a raça alada dos Anjos das Sombras ressuscitou. Eles enviaram suas biomecânicas “bestas míticas” para coletar a energia vital “Purana” dos humanos nas poucas cidades remanescentes. A humanidade tenta resistir ao violento ataque quando o “mago da velocidade divina” Fudo Gen perfura o mar perto de Creta com as chamadas máquinas vetoriais, máquinas lendárias que trouxeram nova esperança. Com essas três armas, Mars, Luna e Sol, guiadas por talentosos pilotos que possuem o “elemento” necessário para ativá-las, os lendários “Anjo mecânico Aquarion” podem ser unidos a partir dos três “vetores”... Os “elementos” que precisavam ter almas puras e sentidos aguçados finalmente começam a lutar, e chega o momento de unir a esperança da humanidade aos lendários Aquarion.