É o ano de 2201. O Yamato voltou da batalha devastadora com o Imperador Zordar e o Império Cometa. Sanada, Aihara e Shima têm alta do hospital e vão prestar suas homenagens aos membros da tripulação caídos no memorial de Okita. Eles conhecem o filho de Tokugawa, Tasuke, que diz que se juntará à tripulação assim que se formar na escola de cadetes. No dia seguinte, na formatura, ele acaba virando um barco cheio de novos cadetes porque estão todos muito ocupados olhando para o Yamato para ver para onde estão indo.

Depois de alguns problemas durante o lançamento devido à nova tripulação do motor ter acionado os interruptores errados e travado o navio, o Yamato parte para o que deveria ser uma missão de treinamento simples.