A historia começa num futuro distante em um local ao longe da galáxia. A Aliança Galática Humana tem constantemente lutado por sua sobrevivência contra seres chamados de Hideous. Durante uma batalha intensa, o jovem Tenente Red e sua arma humanoide Chamber caem em uma distorção do tempo-espaço. Após acordar de sua hibernação induzida, Red percebe que está na Terra, um planeta completamente inundado pelos oceanos, onde a população precisa viver em grande navios. Sem conhecimento nenhum sobre a história ou a cultura do lugar, Red precisa viver em Gargantia com uma mensageira de 15 anos e tentar se acostumar com dias de paz.