É uma total invasão Kraang! As Tartarugas descobrem o quartel-general secreto dos invasores alienígenas, e depois de dominar os Kraang, enfrentam também novos e antigos inimigos, incluindo o Rei Rato, Exterminador de Baratas e Baxter Stockman, que busca vingança de uma vez por todas. Raphael é o maior e mais durão dos quatros irmãos. Um encrenqueiro convicto, ele tem pouca paciência para coisas como infiltrar-se, esconder-se nas sombras ou falar baixo. Embora seja ferozmente fiel a seus irmãos, ele é o mais exigente com eles. Raphael também é o que mais provavelmente segue em frente, quando se sente menosprezado ou não apreciado. Seu confidente é sua tartaruguinha de estimação chamada Spike, que ele salvou de ser afogada no vaso sanitário. O temperamento de Raphael é seu ponto fraco, que lhe causa algumas situações complicadas