ThunderCats conta as aventuras de um grupo de felinos sobreviventes do planeta Thundera.

O primeiro episódio da série começa com a destruição de Thundera, forçando os ThunderCats (uma espécie de nobreza Thunderiana) a fugir de seu planeta natal.

A frota é atacada pelos inimigos dos Thunderianos, os mutantes de Plun-Darr, que destruíram todas as naves da frota Thunderiana, exceto a nave-mãe, na esperança de capturar a lendária Espada Justiceira (Sword of Omens, no original) que eles acreditam estar a bordo desta.

A espada possui o Olho Místico de Thundera, a fonte do poder dos ThunderCats, encrustado na empunhadura.

Embora os Mutantes tenham causado danos à nave-mãe, o velho guardião de Lion-O, Jaga, se oferece para pilotar a nave e levá-los em segurança ao "Terceiro Mundo".

No entanto, Jaga morre no processo porque a viagem leva várias décadas, apesar da tecnologia avançada da nave interestelar.

Entre os personagens principais estão o jovem lorde dos ThunderCats, Lion-O, e os ThunderCats Cheetara, Panthro, Tygra, WilyKit, WilyKat e Snarf.