Na pequena cidade de Lokichoggio, no norte do Quênia, dezenas de aviões voltando do Sudão pousam em uma pista curta. Muitos acabaram de entregar suprimentos de socorro, mas a maioria está carregando pacientes feridos da guerra civil no sul do Sudão. Esses pacientes serão recolhidos no aeroporto por ambulâncias que os levarão através da poeira e do mato por uma estrada deserta até um dos lugares mais singulares da África: o Hospital Lopiding do Comitê Internacional da Cruz Vermelha, o maior hospital de campanha da mundo hoje. WAR HOSPITAL segue a vida e a sorte deste hospital de campanha durante um período de três meses, quando a paz pode finalmente ser assinada no Sudão.