Peter Parker (Tobey Maguire) finalmente conseguiu encontrar o equilíbrio entre sua devoção a Mary Jane (Kirsten Dunst) e suas obrigações de super-herói. Mas uma tempestade se aproxima de seu horizonte. Quando a sua roupa de Homem-Aranha repentinamente se transforma, tornando- se negra e aumentando seus poderes, ela também transforma Peter. Sob a influência dessa nova roupa, Peter se torna convencido e arrogante, passando ainda a negligenciar as pessoas que mais ama. Enquanto dois dos mais temidos vilões já vistos, Homem-Areia (Thomas Harden Church) e Venom (Topher Grace) se unem para arquitetar uma incrível vingança contra o Homem-Aranha, a maior batalha de Peter é consigo mesmo. O Homem-Aranha vai ter que redescobrir a compaixão que o faz ser quem realmente é: um herói.