Depois da aventura do primeiro filme, Kermit, Miss Piggy, Animal e toda a trupe conversam com um novo empresário, Dominic Badguy (Ricky Gervais), que pretende levá-los em uma turnê mundial. Kermit hesita, mas os Muppets são ambiciosos e aceitam a proposta. No entanto, eles caem numa armadilha, quando o perigoso sapo Constantine sequestra Kermit e consegue se infiltrar nos Muppets, passando pelo líder do grupo. Enquanto o pobre anfíbio tenta escapar de uma prisão de segurança máxima na Sibéria, controlada a mão de ferro por Nadya (Tina Fey), o resto dos Muppets passa a conviver com o intruso dentro do grupo. Mas um investigador francês da Interpol (Ty Burrell) está de olho nos Muppets, já que uma porção de roubos de obras de arte estão acontecendo próximos às apresentações de Piggy, Gonzo e cia.