O ginecologista Rodrigo Junqueira resolve trabalhar na cidade rural de Andorinhas, reativando o hospital local que estava desativado. Isabel, a dona do hospital, permite que se reabra o local, mas tem uma relação de amor e ódio com o médico. Os episódios tratam da falta de cultura do povo rural, que não pode estudar, e da falta de recursos médicos.

"Obrigado Doutor" foi inspirado em um programa homônimo da Rádio Nacional, na década de 1950. No seriado, a realidade de uma parcela menos favorecida da população brasileira era retratada através dos olhos do médico de uma pequena cidade. A história acompanhava a rotina de um médico que se desilude com a sua profissão e, por força das circunstâncias, é levado a exercer a medicina em um pequeno hospital de Andorinhas, cidade fictícia do interior do Brasil.